دعاؤه لولده الحجّة عقیب کلّ صلاة بعد ابراز عقائده
رَضیتُ بِاللّهِ رَبّا، وَبِالاِسْلامِ دینا، وَبِالْقُرْانِ کِتابا، وَبِمُحَمَّدٍ صلی الله علیه و آله نَبِیّا، وَبِعَلیٍّ وَلِیّا، وَالْحَسَنِ وَالْحُسَیْنِ، وَعَلیِّ بْنِ الْحُسَیْنِ، وَمُحَمَّدِ بْنِ عَلیٍّ وَجَعْفَرِ بْنِ مُحَمَّدٍ، وَمُوسَی بْنِ جَعْفَرٍ، وَعَلیِّ بْنِ مُوسی، وَمُحَمَّدِ بْنِ عَلیٍّ، وَعَلیِّ بْنِ مُحَمَّدٍ، وَالْحَسَنِ بْنِ عَلیٍّ، وَالْحُجَّهِ بْنِ الْحَسَنِ بْنِ عَلیٍّ، اَئِمّهً
اَللّهُمَّ وَلِیَّکَ الْحُجَّهَ، فَاحْفَظْهُ مِنْ بَیْنِ یَدَیْهِ وَمِنْ خَلْفِه، وَعَنْ یَمینِه وَعَنْ شِمالِه، وَمِنْ فَوْقِه، وَمِنْ تَحْتِه، وَامْدُدْ لَهُ فی عُمْرِه
وَاجْعَلْهُ الْقائِمَ بِاَمْرِکَ، وَالْمُنْتَصِرَ لِدینِکَ.
وَاَرِه ما یُحِبُّ وَما تُقِرُّ بِه عَیْنَهُ فی نَفْسِه وَذُرِّیَّتِه، وَفی اَهْلِه وَمالِه وَفی شیعَتِه، وَفی عَدُوِّه، وَاَرِهِمْ مِنْهُ ما یَحْذَرُونَ، وَاَرِه فیهِمْ ما یُحِبُّ وَتَقَرُّ بِه عَیْنُهُ، وَاشْفِ بِه صُدُورَنا، وَصُدُورَ قَوْمٍ مُؤْمِنینَ.
دعاؤه لصفوان بن یحیی
عن أبی طالب القمیّ قال: دخلت علی أبی جعفر الثانی علیه السلام فی آخر عمره سمعته یقول:
جَزَی اللّه ُ صَفْوانَ بْنِ یَحیْی، وَمُحَمَّدَ بْنَ سَنانٍ، وَزَکَریَّا بْنَ ادَمَ وَسَعْدَ بْنَ سَعْدٍ عَنّی خَیْرا، فَقَدْ وَفَوْا لی.
دعاؤه لمحمّد بن سنان
عن علیّ بن الحسین بن داود قال: سمعت أبا جعفر الثانی علیه السلام یذکر محمّد بن سنان بخیر، ویقول:
رَضِیَ اللّه ُ عَنْهُ بِرِضائی عَنْهُ، فما خالفنی وما خالف أبی قطّ.
دعاؤه علی عدوّه
اَللّهُمَّ اِنْ کُنْتَ تَعْلَمُ اَنّی اَمْسَیْتُ لَکَ صائِما، فَاَذِقْهُ طَعْمَ الْحَرْبِ وَذُلَّ الاَسْرِ.
دعاؤه فی التوسل به فی الساعة التاسعة من صلاة العصر إلی أن تمضی ساعتان
یَا مَنْ دَعاهُ الْمُضْطَرُّونَ فَاَجابَهُمْ، وَالْتَجَاَ اِلَیهِ الْخائِفُونَ فَامَنَهُمْ وَعَبَدَهُ الطّائِعُونَ فَشَکَرَهُمْ، وَشَکَرَهُ الْمُؤْمِنُونَ فَحَباهُمْ، وَاَطاعُوهُ فَعَصَمَهُمْ، وَسَاَلُوهُ فَاَعْطاهُمْ، وَنَسُوا نِعْمَتَهُ فَلَمْ یُخْلِ شُکْرَهُ مِنْ قُلُوبِهِمْ وَامْتَنَّ عَلَیْهِمْ فَلَمْ یَجْعَلْ اسْمَهُ مَنْسِیّا عِنْدَهُمْ
اَسْاَلُکَ بِحَقِّ وَلِیِّکَ مُحَمَّدِ بْنِ عَلِیٍّ علیهماالسلام حُجَّتِکَ الْبالِغَهِ، وَنِعْمَتِکَ السّابِغَهِ وَمَحَجَّتِکَ الْواضِحَهِ، وَاُقَدِّمُهُ بَیْنَ یَدَیْ حَوائِجی، وَرَغْبَتی اِلَیْکَ اَنْ
تُصَلِّیَ عَلی مُحَمَّدٍ وَالِ مُحَمَّدٍ، وَاَنْ تَجُودَ عَلَیَّ مِنْ فَضْلِکَ اَوْ تَتَفَضَّلَ عَلَیَّ مِنْ وُسْعِکَ بِما اَسْتَغْنی بِه عَمّا فی اَیْدی خَلْقِکَ، وَاَنْ تَقْطَعَ رَجائی اِلاّ مِنْکَ، وَتُخَیِّبَ امالی اِلاّ فیکَ
اَللّهُمَّ وَاَسْاَلُکَ بِحَقِّ مَنْ حَقُّهُ عَلَیْکَ واجِبٌ مِمَّنْ اَوْجَبْتَ لَهُ الْحَقَّ عِنْدَکَ اَنْ تُصَلِّیَ عَلی مُحَمَّدٍ وَالِ مُحَمَّدٍ، وَاَنْ تَبْسُطَ عَلَیَّ ما حَظَرْتَهُ مِنْ رِزْقِکَ، وَتُسَهِّلَ لی ذلِکَ، وَتُیَسِّرَهُ هَنیئا مَریئا فی یُسْرٍ مِنْکَ وَعافِیَهٍ، بِرَحْمَتِکَ یا اَرْحَمَ الرّاحِمینَ وَخَیْرَ الرّازِقینَ، وَاَنْ تَفْعَلَ بی «کَذا وَکَذا»