ترکز عملنا فی تألیف هذه الصحف المبارکة بادی الأمر بالتأکید علی ضرورة جمع معظم الأدعیة المأثورة عن الامام علی بن موسی الرضا و أبنائه علیهمالسلام محمد بن علی الجواد، و علی بن محمد الهادی، و الحسن بن علی العسکری، و الحجة المنتظر المهدی عجل الله فرجه.
و ذلک من خلال البحث و التنقیب عنها فی مختلف الکتب، و أنواع المؤلفات المعتبرة سیما کتب الدعاء المعتمدة نحو: مصباح المتهجد، اقبال الأعمال، جمال الاسبوع، فلاح السائل، مهج الدعوات، البلد الأمین، و الجنة الواقیة، و غیرها من الجوامع المدونة قدیما و جدیدا اجتمعت لدینا – بتأیید الله تعالی و تسدیده، و بعد جهود حثیثة – عدد کبیر من أدعیتهم علیهمالسلام.
فابتدأنا بالصحیفة الرضویة الجامعة أولا ثم الصحیفة الجوادیة، ثم الصحیفة الهادیة ثم الصحیفة العسکریة، ثم الصحیفة المهدیة آخرا.
و بدأنا بترتیبها و تبویبها بشکل متناسق، آخذین بنظر الاعتبار وحدة الموضوع، و مراعین الغرض الذی من أجله أنشی الدعاء.
و بدأنا علی سبیل المثال بأدعیة کل امام علیهالسلام الخاصة بتحمید الله جل جلاله و الثناء علیه و تمجیده و تسبیحه و تقدیسه ثم أوردنا بعدها أدعیته علیهالسلام فی جوامع المطالب و خصوصها ثم أدعیته علیهالسلام فی الأوقات و المواقیت، ثم فی مختلف الأحوال المتنوعة کما هو واضح من الفهرس، و لأجل رغبتنا الملحة و حرصنا العمیق علی اثبات متن صحیح و سلیم للدعاء، فقد عارضنا الأدعیة بمثیلاتها الموجودة فی الکتب و الاصول المعتمدة، و أثبتنا الاختلافات الضروریة و الاضافات فی الهامش، و رمزنا لها ب«خ» مع ذکر المصدر، و ما کان ثابتا فی بعض المصادر فقد وضعناه بین القوسین،
و قد تم تخریج کل الآیات القرآنیة بعد ضبطها علی المصحف الشریف
و أشرنا أیضا الی النصوص القرآنیة المقتبسة من القرآن الکریم.
و من أجل تبیین بعض المفردات اللغویة الغربیة أو النصوص الصعبة فقد ذکرنا
بها معنی بسیطا فی الهامش معتمدین فی ذلک علی امهات کتب اللغة کالصحاح و القاموس و النهایة.
و لعلمنا بأن للفهرسة أثرا کبیرا فی مساعدة الداعی و المتهجد، و الباحث و المحقق للوصول الی بغیته بسهولة فقد نظمنا عددا من الفهارس الفنیة مما نعتقده ضروریا.
و من أجل توثیق الدعاء مصدریا لیتعرف القاری علی المؤلفات الناقلة للأدعیة فقد ألحقنا بکل دعاء عددا من التخریجات و الاتحادات المتضمنة للکتب و المصادر، و وضعناها فی آخر الصحیفة مرتبة حسب ترقیم الأدعیة تحت عنوان «فهرس الأسانید و الاتحادات».
«فالمذکور مثلا أمام الرقم» 14 «متعلق بالدعاء رقم» 14.
و تجدر الاشارة هنا الی أن الأدعیة التی رواها الامام عن آبائه علیهمالسلام ذکرنا قطعة من مفتتحاتها، مشیرا الی تمام الدعاء فی موضعه و محله.
و بالنسبة للأدعیة التی صدرت عن النبی و الأئمة علیهالسلام بحق الامام المهدی عجل الله فرجه فقد أشرنا الیها فی ملحقات الصحیفة المهدیة الجامعة، و وضعنا تمام الدعاء فی صحیفة النبی صلی الله علیه و آله أو الامام الذی صدر منه هذا الدعاء.