در شماره و اسامی فرزندان امام علیهالسلام نیز اختلاف است، گروهی آنها را پنج تن پسر و یک دختر نوشتهاند، به نامهای محمدقانع، حسن، جعفر، ابراهیم، حسین و عایشه.
سبط بن جوزی در تذکرةالخواص، آنان را چهار تن، که با حذف حسین، به شرحی که ذکر شده نام برده است، اما شیخ مفید براین است، که امام هشتم علیهالسلام را، فرزندی جز امام محمدجواد علیهالسلام نبوده است، و ابن شهرآشوب و طبرسی در اعلامالوری، نیز بر همین اعتقاد میباشند، و قول معتبر در تعداد فرزندان، این است که آن حضرت را دو فرزند
بوده، به نامهای محمد و موسی، و جز آنها فرزندی از آن حضرت به جای نمانده است، و آنچه در کتاب قربالاسناد آمده است. این قول را تقویت میکند، و آن این است که بزنطی به امام هشتم علیهالسلام عرض کرد، در چند سال پیش پرسیدم که جانشین شما کیست؟ فرمودید فرزندم، و در آن روز فرزند نداشتید، و اکنون خداوند به شما دو فرزند عطا فرموده است، کدام یک از این دو جانشین شماست؟ در عیون اخبارالرضا آمده که امام دختری به نام فاطمه داشته است.
اکنون ما در این صدد نیستیم، که دقیقا شماره و نام فرزندان آن حضرت را، بررسی و تعیین کنیم، ولی نظر شیخ مفید را که ذکر شد ترجیح میدهیم، و آنچه از نظر ما محقق است این است که امام هشتم فرزندی جز امام محمدجواد علیهالسلام نداشته، و آنچه غیر از این گفته شده، به ثبوت نرسیده است، و خداوند به حقیقت حال داناتر است.