او در تقوا و پرهیزگاری کمنظیر و از بزرگان روزگار به شمار میرفت. نه تنها از حرام چشم میپوشید، بلکه از شبهات نیز دوری میگزید. در طول زندگی خویش از وجوهات شرعیه استفاده نکرد. حتی در دوران تحصیل از مقدار کمکی که از مادرش میرسید زندگی خود را اداره میکرد.
معظم له میفرمود: «در دورانی که در مشهد تحصیل میکردم، مدتی پول را
مازندران نرسید. روزهای سختی را میگذراندم. از این رو، به ناچار از استادم پول قرض گرفتم. شب در عالم رؤیا شخص بزرگواری آمد و صدا زد: شیخ محمد! چرا از استادت پول گرفتی؟ گفتم: قرض کردم، پس از چه کسی باید میگرفتم؟ گفت: از کسی که اکنون بر سر مأذنه نام او را میبرند. بیدار شدم و در همین حال شنیدم مؤذن در بالای منارهی حرم میگوید: اللهم صل علی علی بن موسی الرضا المرتضی علیهالسلام. تا این جمله را شنیدم، بیدرنگ وضو گرفتم و به حرم مشرف شدم از امام رضا علیهالسلام معذرت خواستم.»
مرحوم آیت الله کوهستانی نه تنها مراقب نفس خود، بلکه در تمام زوایای زندگی مراقبت و مواظبت کامل داشت که اعمالش مطابق با دستورهای اسلام باشد. در گفتار از سخن بیهوده و لغو پرهیز میکرد. از کسی غیبت نمیکرد و همیشه سخنانش موعظه و اندرز بود. میفرمود: «حرف بیهوده زدن را کمتر از غذای حرام نمیدانم.»
همچنین، در تغذیه و خوراک دقتی بسیار میکرد. در یک جلسه، که دربارهی اثر غذا در روح و معنویت سخن به میان آمد، فرمود: «زمانی احساس کردم در تخیل و اندیشهام وسوسههای بیهودهای راه یافته. دقت نمودم متوجه شدم که در یک وعده غذا مواظبت و دقت همیشگی را انجام ندادهام.»