هر شش ماه یک بار، استاد برای معاینه و انجام آزمایشهای لازم به پزشک رجوع میکرد. حتی در واپسین مراجعه، اثری از بیماری جدی در استاد دیده نشد. استاد در یکی از روزهای مرداد ماه سال 1377 متوجه قدری خون در خلط خود میشود. نزدیکان، به سرعت ایشان را نزد پزشک میبرند. پزشک دستور میدهد از ریه عسکبرداری کنند. پس از عکسبرداری ریه و سی. تی. اسکن، پزشک تشخیص سرطان ریه میدهد. استاد برای مدت سه روز در بیمارستان شهید مصطفی خمینی بستری میشود. سپس، او را به بیمارستان مسیح دانشوری منتقل میکنند. یک گروه
پزشکی، تشخیص مراقبت و معالجهی استاد را برعهده میگیرند. بنابر تشخیص، سرطان پیشرفته است به گونهای که به مغز نیز سرایت کرده و توموری دو سانتی در مغز مشاهده میشود. گروه پزشکی معتقد است، استاد بیش از شش ماه زنده نخواهد ماند. بنابراین، موضوع اعزام سریع ایشان به خارج از کشور مطرح میشود و فرزند استاد، دکتر غلامرضا جعفری، از نروژ بازمیگردد تا پدر را برای معالجه به نروژ ببرد. در نروژ پزشکان اظهار ناتوانی میکنند و امکان درمان را در انگلستان و امریکا میسر میدانند. استاد با فرزند خود به انگلستان عازم میشود و در بیمارستان لیستر بستری میگردد و مداوا آغاز میشود. در لندن، شیمی درمانی آغاز میشود و پزشکان به بهبودی امیدوار میشوند، اما در نیمهی شب 21 آبان ماه استاد از ناحیه شکم دچار درد شدیدی میشود. همان نیمه شب استاد را عمل میکنند. بیست و چهار ساعت پس از عمل، استاد دچار سکته مغزی میشود. در اثر این سکته، نیمهی راست بدن استاد فلج و تکلم استاد قطع میشود. پزشکان ادامهی شیمی درمانی را غیرممکن میشمارند.
سه ساعت پیش از فوت، استاد به دکتر غلامرضا جعفری اشارهای میکند، ولی فرزند از درخواست ایشان آگاه نمیشوند. سرانجام پس از دو ساعت منظور پدر را درمییابد. منظور استاد پلاکی بود که نام خداوند و نام اهل بیت حک شده بود. اطراف آن پلاک پارچهی سبزی پیچیده شده بود. این پارچه را چند ماه پیش از فوت استاد، یکی از دوستانش از کربلا آورده بود. دکتر غلامرضا جعفری به سرعت به محلی میرود که کیف استاد در آن جا بود. رفت و بازگشت یک ساعت طول میکشد. دکتر جعفری به بیمارستان وارد میشود و متوجه میشود اتاقی که استاد در آن بستری بود، بسته است و دوستان پشت در ایستادهاند. پرستار خبر فوت پدر را میدهد. دکتر جعفری بیتاب میشود و به اتاق میرود. پیکر پدر روی تخت افتاده و در پارچهای سفید جای گرفته است. بیتابی و حسرت دکتر جعفری افزون میشود که چرا نتوانسته به موقع دستور پدر را به انجام برساند. گریان، خود را برای دیر
رسیدن مؤاخذه میکند و پارچهی سبز را روی صورت استاد میگذارد: «حاج آقا چشمهایش را باز کرد، لبخندی زد و چشمهایش را بست.»
ساعت 5 / 2 بعدازظهر روز 25 آبان ماه سال 1377 علامه محمدتقی جعفری به ابدیت پیوست. پیکر پاک آن شادروان از لندن به تهران منتقل شده و تشییع میشود. در دانشگاه تهران توسط حضرت آیت الله جوادی آملی – روحی له الفداء – بر پیکر او نماز گزارده میشود و سپس به مشهد مقدس برده و در جوار امام رضا علیهالسلام دفن میشود.