آثار نوشتاری استاد محمدتقی جعفری فراوان است، اما در این میان دو اثر بیش از دیگر نوشتهها چشمگیر است: شرح و تفسیر 14 جلدی مثنوی مولوی و ترجمه و شرح نهجالبلاغه. استاد شرح مثنوی را در سال 1348 شمسی آغاز میکند و در سال 1353 شمسی به پایان میرساند. حاصل پنج سال تلاش و کوشش، چهارده جلد تفسیر و نقد مثنوی معنوی میشود. استاد محمدتقی جعفری چنان در اندیشه مولوی فرو میرود که گاهی میگوید: «من او را از ملاصدرا خیلی بالاتر میبینم. از یک جهت از ابنسینا هم بالاتر است. من عاشق ملای رومی نشدهام، ولی برای من، مانند دیگران خیره کننده است، واقعا خیره کننده است. اما اشتباهاتش را دیدم. چون اشتباه دیدم، میفهمم مطلق نیست. شبی در خواب دیدم که من و مولوی بر روی یک نیمکت نشستهایم و او گفت: یک نفر بیاید و از من و ایشان (یعنی من) عکس بردارد. به وی گفتم: من مثنوی شما را شرح و چهار جلد آن تمام شده است. نظرتان در مورد تفسیر من چیست؟ گفت: چرا از من میپرسی، از او (اشاره به طرف آسمان کرد) بپرس که به خاطر او تفسیر و شرح میکنی. (یعنی خدا) این بهترین جوابی بود که به
من داد. با جوابی که داد، من یقین کردم که رؤیا، رؤیای صادقانه است.»