مذهب و آیین

برخی می‏گویند شیخ‏بهایی از اهل سنت بوده است و دلیل آن را سفر شیخ‏بهایی به حلب و ابراز مذهب اهل سنت در آن جا دانسته‏اند. در این باره نویسنده‏ی خلاصة الأثر می‏نویسد:

در زمان سلطان مراد بن سلیم، پنهانی به حلب آمد و پنهانی در درس‏های پدرم شیخ عمر حاضر می‏شد. پدرم می‏دانست که شیعه است. بهایی از بازرگانی ایرانی خواست که میهمانی ترتیب داده و پدرم را با او آشنا کند. در آن مجلس بهایی گفت: «من پیرو سنتم و صحابه را دوست دارم، لیک چه کنم که پادشاه ما شیعه است و سنی‏ها را می‏کشد.» وی چون به دیار اهل سنت رسید، دیباچه‏ی پاره‏ای از تفسیرش را، که به نام شاه عباس نوشته بود، به نام سلطان مراد نمود و چون مردم جبل عامل از آمدن او آگاه گردیدند، گروه گروه نزد او رفتند. چون ترسید کارش آشکار گردد، از حلب رفت.

با این همه آثاری که از شیخ‏بهایی برجای مانده، نه تنها شیعی بودنش هویداست، بلکه باید او را یکی از مرزبانان اصلی تشیع راستین روزگار صفویه در ایران دانست. حتی همان گزارش خلاصه الأثر دلیل محکمی بر اعتقاد او به مذهب تشیع است.