ائمه علیهمالسلام در تمام ادوار زندگی خود به سبب تعدیات حکومتهای ستمپیشه زمان خویش، به مشکلات و فشارهای سختی دچار بودند، و پیروان و علاقمندان آنان را پیوسته طرد و تعقیب میکردند، و زندگی را از هر سو بر آنان سخت و دشوار میساختند، تا آن جا که اطلاق واژه «رافضی» بر هر کس که متهم به وابستگی به تشیع و مشتبه به داشتن اعتقاد به تعلیمات این مکتب میشد از نظر دستگاه حکومت به منزله حکم نهایی محکومیت او به شمار میآمد، در نتیجه این اوضاع، فرصت بزرگی که برای طالبان معرفت و تشنهکامان طریق هدایت برای بهره گرفتن از این سرچشمه زلال بود، از دست رفت، و عقدههای فکری، و معضلات علمی بسیاری همچنان ناگشوده و حل
نشاده باقی ماند.
با این حال و با وجود تعدیات و فشارهای سخت، افکار انسانی از فواید علمی که ائمه علیهمالسلام برای شاگردان و پیروان خود، در زمینههای مختلف معرفت و دانش بیان داشتهاند محروم نمانده است چنان که یکی از شاگردان آنها برای این که بتواند برخی مسائل و مشکلات علمی خود را به عرض امام خویش که زندانی خلیفه است برساند، حاضر میشود که هر چه زندانبانان از او بخواهند به آنها بدهد تا آن مسائل را نزد آن حضرت ببرند و جواب آنها را اخذ کنند و به او بازگردانند، و این بر اثر حرص شدید آنها به استفاده از وجود امام، و شیفتگی آنها به کسب انوار علم و یقین، و کوشش برای جلوگیری از فروماندن در وادیهایی شکوک و حیرت بوده است. و آنچه از امام موسی بن جعفر علیهالسلام زندانی هارون بیدادگر نقل شده گواه این گفتار است.
برخی از مورخان و تذکرهنویسان، از حضرت رضا علیهالسلام به جز احادیث و اخباری که از آن حضرت نقل کردهاند و مربوط است به آنچه برای اصحاب خود بیان فرموده و یا در پاسخ کسانی که برای فهم مسائل علوم و معارف به آن بزرگوار مراجعه کردهاند ایراده کرده است، تألیفاتی را نیز ذکر کردهاند که صحت انتساب آنها نیازمند ادله کافی است و برخی از آنها فاقد آن است.